מגוון מילויים למלית פלפלים יוצר מקום לדמיונו של השף.
התוכנית לבישול פלפלים ממולאים היא פשוטה מאוד: מבשלים את הבשר הטחון, מקלפים את הפירות, ממלאים אותם ומבשלים עד שהם רכים. אבל הווריאציות אין ספור! הפופולריים ביותר הם פלפלים ממולאים בבשר טחון. בדרך כלל עם אורז. הכניסו גם גזר, בצל וירוק לבשר הטחון. השאר זה עניין של טעם.
עוף, דגים, בשר טחון פטריות מושלם כמילוי. כוסמת, דוחן וחיטה יכולים לשמש כתוסף דגנים. עדיף להוסיף גבינה למליות כאלה לטעם עדין. מילוי מצוין מתקבל אם משתמשים במחית תפוחי אדמה או עדשים כמרכיב. כמעט כל מוצר לא ממותק יכול לשמש בסיס לבשר טחון. זה עניין של טעם ודמיון של הטבח.
הרוטב יכול להיות גם שונה. הפשוטה ביותר מבוססת על מיץ עגבניות. אפשר לקחת עגבניות טריות, לקלף אותן ולקצוץ דק ולתבש את הפלפלים בזה. לאוהבים שמנים יותר - מוזגים שמן צמחי לסיר לפני התנור. רוטב שמנת חמוצה מתקבל עם תכונות תזונתיות רכות. שמנת חמוצה מדוללת במים ביחס של ½ (לכוס מים - ½ כוס שמנת חמוצה). מוסיפים עשבי תיבול ותבלינים לפי הטעם.
ניתן להכין פלפלים מראש ולהגישם כחטיף קר. עדיף להכין את הרוטב לפני ההגשה או לחמם אותו.